В княжестве Совилль, притаившемся в центре альтернативной Европы 20-х годов, царит затишье после Первой мировой. Простые люди зарабатывают на хлеб, элита ищет развлечений, а в широко известной академии Св. Маргариты обучаются отпрыски знатных фамилий. Именно в эту школу из союзной Японии переводится Кадзуя Кудзё, младший сын из семьи потомственных военных. От местных учеников, склонных к мистицизму и суевериям, черноглазый пришелец сразу же получает прозвище «ангел смерти» и статус отверженного. Пытаясь развеять грусть-тоску, в огромной башне школьной библиотеки Кадзуя внезапно встречает очаровательную девочку с золотыми волосами в костюме «готической лолиты». Удивительно, но новая знакомая уже давно его ждала!

Как оказалось, Викторика, внебрачная дочь местного аристократа, фактически заточена в академии как в золотой клетке. Единственным развлечением для ее острого ума были визиты сводного брата Гревиля де Блуа, от нечего делать пошедшего в полицию и с помощью девочки прослывшего чуть ли не гением. Но с появлением Кадзуи обстоятельства изменились. Викторика почувствовала вкус свободы и радость от возможности лично распутывать криминальные головоломки. Теперь против нового великого детектива и ее верного спутника бессильны любые ухищрения одиночек и тайных обществ, в какие бы одежды они ни рядились!

Японские преступники обнаглели настолько, что для борьбы с ними помимо полиции потребовались вооруженные частные детективы – «бутэй». Охотников за головами готовят в спецшколах, где многие не выдерживают суровой учебы, а некоторые не доживают до выпуска. Бандиты не дремлют и пытаются давить врагов в зародыше, потому ученики с малых лет носят боевое оружие и готовы применять его днем и ночью. Не все способны на подобное, вот и 17-летний любитель спокойной жизни Киндзи Тояма, уже потерявший брата, поехал подавать заявление о переводе в обычную школу. Да не доехал: помешали двое – обычный робот-убийца и жуткое явление природы в виде рыжей плоскогрудой коротышки с двумя хвостиками!

Явление по имени Ария Кандзаки расправилось с роботом, но вскоре их прикатила целая армия, и героям пришлось худо. Тут оно и случилось: Киндзи встал во весь рост, бросил пару слов в стиле Дж. Бонда – и порвал нападавших почти что голыми руками! Вот такое у Тоямы раздвоение личности – стоит девушке оказаться в опасности рядом с ним, как депрессивный парнишка превращается в маниакального мачо и супермена. Теперь об уходе из школы придется забыть, ибо такими кадрами не бросаются. Бедный парень понял это особенно хорошо, когда Ария показалась на пороге его скромного жилища и объявила Киндзи своим э-э… учеником. Теперь держитесь, Огненные Ту… то есть, японские ворюги и разбойнички!

Впрочем, когда Ринко ближе ознакомилась со стилем работы патрона, то поняла, что задачу «адским коллегам» надо ставить максимально четко, ибо их понятия о вреде и пользе уж слишком отличаются от человеческих! Выяснилось также, что Акутабэ – не единственный в округе черный маг, а призванных демонов в той же Японии пруд пруди, чему давно учат отцы церкви и что здорово затрудняет оперативную деятельность. И в довершение хозяин, которого порядком достали выходки подручного, переписал на нее контракт Азазеля - всего-то на 300 лет. И каким богам теперь молиться бедной Ринко? Кому ни молись – а работать надо!

Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на Деревню Скрытой Листвы (яп. 木ノ葉隠れの里 Конохагакурэ но сато^?, или просто Коноха^[10]), родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи Четвёртый Хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.

Манга делится на две части. В начале первой части Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саскэ Утиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сэнсэя Какаси Хатакэ. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать Хокагэ. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — Третьего Хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Оротимару желает заполучить тело Саскэ Утихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саскэ является представителем клана Утиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саскэ добровольно уходит к Оротимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итати. До начала событий манги Итати уничтожил весь клан Утиха за исключением Саскэ, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Дзирайей, бывшим товарищем Оротимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саскэ.

Вторая часть манги, начинающаяся с 28 тома^[11], описывает события, происходящие через два с половиной года после первой. Главному герою уже 16 лет. После тренировок с Дзирайей Наруто возвращается в Деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саскэ и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаси», а место Саскэ в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая девятихвостого, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саскэ Утиха, считая дальнейшее обучение у Оротимару бессмысленным, предаёт его и убивает. Отыскав своего старшего брата, чтобы отомстить за уничтожение клана, вступает с ним в бой, во время которого Итати неожиданно падает замертво. После этого лидер Акацуки, Тоби, сообщает Саскэ правду о том, что убийство клана было поручено Итати непосредственно руководством Деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саскэ присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Тоби члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. На совете Кагэ — лидеров крупнейших селений ниндзя — Тоби заявляет, что собирает хвостатых демонов ради воссоздания десятихвостого бидзю и создания могущественной иллюзии, способной контролировать человечество. Когда руководители других селений отказываются помогать Тоби, он объявляет о начале Четвёртой мировой войны ниндзя. В ответ на это пять крупнейших стран создают альянс, во главе которого становится Райкаге, и объединённую армию синоби, главнокомандующим которой становится Кадзэкагэ Гаара.^[12] Начинаются бои между сторонами: на стороне Акацуки сражаются многочисленные клоны Дзэцу и призванные Кабуто Якуси умершие ниндзя, а на стороне альянса — синоби пяти стран.